Ympäristöministeriö asettaa Suomen ympäristökeskukselle tulostavoitteet, jotka täydentävät valtion talousarviossa asetettuja tulostavoitteita. Tulostavoitteista on sovittu ympäristöministeriön ja Suomen ympäristökeskuksen välisessä tulosneuvottelussa. Tulossopimukseen sisältyy liitteinä vuoden 2010 tavoitteet tutkimus- ja kehittämistoiminnalle sekä palvelutehtäville.