Syftet med anvisningen om miljöskydd vid fiskodling är att stödja myndigheterna i att genomföra miljölagstiftningen samt att harmonisera myndighetsverksamheten och tillsynen. Anvisningen innehåller också miljöskyddslagstiftning och god praxis för aktörerna inom branschen.

Anvisningen baserar sig på tillämpningen av den gällande lagstiftningen under nuvarande förhållanden. Anvisningen ges till de regionala miljöcentralerna, regionförvaltningsverken och för kännedom till de kommunala miljövårdsmyndigheterna och intressegrupperna. Anvisningen som inte är bindande för myndigheterna tillämpas från fall till fall.